O sistema não controla horário. Isso é configuração do ambiente.
No caso do PHP pode ser versão do PHP desatualizada (e que esteja utilizando o timedb próprio). Há ainda um bug do Electron (Painel v2, Triagem v2) que também não pega o horário da máquina e acaba entrando em horário de verão.
A solução mais prática nesse caso é mudar para um local que já não tinha horário de verão (nordeste por exemplo: Bahia, Recife...).
