O NovoSGA v2.0 não vem com o arquivo .htaccess
dentro do diretório public, que é específico do Apache2, isso porque ele pode ser usado com outro servidor HTTP, como NGINX por exemplo.
Se você olhar a documentação tem um passo para configuração da aplicação no Apache2, mostrando um exemplo do arquivo .htaccess
a ser criado: http://novosga.org/docs/current/#/install-linux